L’isola si popolò con l’afflusso degli abitanti del retroterra veneto, fuggiti dalle invasioni degli Unni (452) e dei Longobardi (568). Chioggia subì due distruzioni: una ad opera di Pipino il Breve, re dei Franchi (810) e un’altra ad opera degli Ungheri (902). Nel 1110 divenne sede vescovile, trasferendo le reliquie dei Santi patroni Felice e Fortunato da Malamocco, che a sua volta le aveva ereditate da Aquileia. Clugia Major (Chioggia) e Clugia Minor (Sottomarina) divennero in seguito l’XI e la XII isola della Serenissima, sottoposte all’autorità del dogado veneziano.
In periodo medioevale la città divenne famosa per la produzione del pregiato sal Clugiae, esportato un tempo in tutta Italia. Chioggia fu teatro della storica Guerra di Chioggia (1379-80) tra le Repubbliche marinare di Genova e di Venezia. Dopo aver raso al suolo Sottomarina, ricostruita solo nel 1700, i genovesi strinsero d’assedio Chioggia, liberata poi dalla flotta veneziana.Ne seguì un lungo periodo di crisi tra il ‘400 e il ‘500 con pestilenze e carestie, portando gli abitanti a scoprire la pesca come fonte di sostentamento primaria. Attività che col tempo divenne peculiare al punto da essere ancor oggi conosciuta come una delle capitali della pesca italiana.
Dopo i tramonto della repubblica Veneta, la città venne occupata nel 1797 dai Francesi e, dopo il trattato di Campoformio nel 1798, dagli Austriaci, alla cui dominazione i chioggiotti tentarono di ribellarsi invano con la storica ‘sollevazione del Cristo’ del 20 Aprile 1800. Le dominazioni francesi e austriache si alternarono per un’altra cinquantina d’anni. Importante il contributo che diede alla lotta risorgimentale, al punto di ottenere la medaglia d’oro: furono una settantina i chioggiotti che parteciparono alle lotte per raggiungere l’unità d’Italia. Fra tutti si ricorda il ragazzo undicenne Giuseppe Marchetti, il più giovane dei Mille. Chioggia divenne italiana il 15 ottobre 1866.
La prima guerra mondiale fece sentire le sue terribili conseguenze, anche perché Chioggia, soprattutto in seguito all’arretramento del fronte sulla linea del Piave, divenne proprio l’immediata retroguardia e trasformò molti istituti civili e religiosi, in ospedali militari.
Anche durante del fasi finali della seconda Guerra mondiale della liberazione dell’Alta Italia, Chioggia ebbe un’importanza strategica: nei piani degli alleati, infatti era considerata il luogo di un possibile sbarco che, con l’appoggio delle forze partigiane, avrebbe consentito l’occupazione delle fortificazioni del litorale e in seguito del Veneto nel suo complesso. L’ipotesi di uno sbarco prese concretezza, in particolar modo dopo la liberazione di Ravenna (4 dic. 1944). Epica fu la sera della liberazione, il 27 aprile 1945, quando la città si illuminò a giorno per evitare l’annunciato bombardamento dell’aviazione alleata, decisa a domare in questo modo la mancata resa dei tedeschi.